Вторая половина XV века: Русь уже два столетия под гнетом монголо-татарского ига.
Иван III, князь Московский, в целях укрепления государства принимает решение о заключении брака с византийской принцессой Зоей Палеолог. После того как турки захватили Константинополь, спасшиеся члены династии византийских императоров Палеологов бежали и нашли покровительство у Папы в Риме.
Папа Римский хочет отдать Зою в жены московскому князю с расчетом усилить влияние католической церкви на Руси, однако Зоя, принявшая при крещении имя София, не оправдывает его надежд. Прибыв на русскую землю, она демонстрирует верность новой родине и вере своих предков, православных христиан.
Москва встречает новую правительницу неласково. Бояре и митрополит московский Филипп настроены против брака.
Решение Ивана III о заключении брака принесло московской земле необычайную выгоду: этим браком он укрепляет свой статус Великого Князя, становится более значимым участником европейской политики, а главное, приобретает настоящую соратницу и единомышленницу. Именно благодаря твердой поддержке Софии князь принимает судьбоносное решение, положившее конец татаро-монгольскому игу на Руси, а также прекращает феодальные междоусобицы.
По приглашению Софии в Москву приезжают искусные итальянские мастера – оружейники, литейщики, строители, в том числе архитектор Аристотель Фиораванти, построивший Успенский собор Московского Кремля.
София привезла с собой библиотеку византийских императоров – редчайшее собрание книг и фолиантов, включая свитки из знаменитой Александрийской библиотеки. Именно эту библиотеку называют "библиотекой Ивана Грозного", которому она досталась в наследство от Софии – его родной бабушки. София принесла на Русь опыт Византии в области государственного управления, организации военного дела, разработке законов.
В фильме с высочайшей точностью воспроизведены костюмы и предметы быта эпохи. Сцены сражений и природных катаклизмов, тайны и интриги средневекового великокняжеского двора, любовь и ревность, колдовство и покаяние – все это увидят зрители в исторической саге "София".